สงครามหมื่นขา ล่าล้างจักรวาล 3 จะระเบิดความมันส์ให้ตาโพลงกับสงครามมนุษย์ปะทะกองทัพแมลงยักษ์อีกครั้ง! พันเอกจอห์นนี่ ริโก้ (แคสเปอร์ แวน ดีน) กลับมาเพื่อนำทีมกระโจนสู่ภาระกิจช่วยเหลือทหารจำนวนหนึ่งซึ่งถูกทิ้งไว้ อยู่บนดาวเคราะห์ OM-1 ขณะที่พวกเขาต้องปะทะกับกองทัพแมลงพิฆาตทั้งเก่าและใหม่ ฝ่าย มารอเดอร์ โฉมใหม่ก็ได้พัฒนาอาวุธสุดยอดขึ้นมา ซึ่งอาจเป็นความหวังหนึ่งเดียวของพวกเขา ในการต่อสู้กับปฏิบัติการอันชั่วร้ายที่แฝงอยู่ในสหพันธรัฐด้วยกัน และในระหว่างที่กัปตันลอล่า เบ็ก (โจลีน บลาล็อก) และทหารลูกทีมของเธอต้องต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดใช้สภาวะอันยากลำบาก พวกเขาพบว่า บางอย่างบนดาว OM-1 กำลังมีสิ่งเลวร้ายเกิดขึ้น เพราะครั้งนี้ฝ่ายแมลงพิฆาตก็มีอาวุธร้ายที่พร้อมจะทำลาย ฝ่ายมนุษย์ให้สูญพันธุ์ไปจากจักรวาลเช่นกัน